En este trabajo mediante secuenciación con nanopore se analizó la respuesta de plantas de azafrán inoculadas con Cucumovirus (CMV) y Potyvirus rapae (TuMV) en condiciones controladas de invernadero y de plantas infectadas de manera natural con diferentes virus y se identificaron seis familias de virus de plantas incluyendo Potyviridae, Geminiviridae, Caulimoviridae, Tymoviridae, Aspiviridae y Partitiviridae en las dos condiciones. El análisis transcriptómico mostró diferentes respuestas asociadas a los dos tipos de infección, con una expresión más asociada a procesos de defensa en las plantas inoculadas en invernadero.